中山大學(xué)超算平臺(tái)（NSCC-GZRData 文件因磁盤空間不足保存失敗損壞(2)

ubuntu操作：
瀏覽器打開：http://770731.****.cn:8888/

df -h /GPUFS/sysu_yuhy_1/quanjiang

cd /GPUFS/sysu_yuhy_1/quanjiang

file_path <- "data8771236.RData"

問題：提示：No such file or directory。
你把 R 代碼直接敲進(jìn)了 Linux 的 bash 終端里，而不是先進(jìn)入 R 環(huán)境，所以系統(tǒng)會(huì)報(bào)錯(cuò) No such file or directory。

先進(jìn)入 R 環(huán)境 R

先試試這兩個(gè)命令，看看超算有沒有預(yù)裝 R：

# 1. 檢查有沒有加載模塊
module avail | grep -i R

# 2. 檢查有沒有其他路徑的 R
which R Rscript /usr/bin/R /usr/local/bin/R

如果沒有預(yù)裝模塊，你可以用下面的方法安裝：

# 先更新源
sudo apt update
sudo apt install -y r-base r-base-dev

# 1. 先備份文件（防止搞壞）
cp data8771236.RData data8771236_backup.RData --省略

gzip -dc data8771236.RData > temp_uncompressed_data

方法 2：命令行工具修復(fù)（超算必用，修復(fù)截?cái)?RData）

如果 R 內(nèi)修復(fù)失敗，用超算自帶的gzip工具修復(fù)（RData 默認(rèn) gzip 壓縮）：

# 進(jìn)入文件目錄
cd /GPUFS/sysu_yuhy_1/quanjiang

# 備份損壞文件（必須做�。�
cp 你的文件.RData 你的文件_backup.RData

# 修復(fù)壓縮包
gzip -t data8771236.RData 2> repair.log
gzip -dc data8771236.RData > temp_uncompressed

修復(fù)完成后，回到 R 重新加載：

load("temp_uncompressed")

第一步：先檢查文件的真實(shí)狀態(tài)
在終端執(zhí)行這兩個(gè)命令，看看文件到底是什么情況：

# 1. 查看文件前100個(gè)字節(jié)的十六進(jìn)制
head -c 100 data8771236.RData | xxd

# 2. 查看文件大小，確認(rèn)是不是比你預(yù)期的小很多
ls -lh data8771236.RData

從 xxd 的結(jié)果可以看到，文件開頭是 RDX3，這是標(biāo)準(zhǔn)的未壓縮 RData 格式（對(duì)應(yīng) R 的 save(..., compress=FALSE) 生成的文件），不是 gzip 壓縮的，所以用 gzip -dc 解壓會(huì)提示格式錯(cuò)誤

3 高校 / 通用超算快照恢復(fù)方法
進(jìn)入你的文件目錄，執(zhí)行：
ls .snapshot
# 示例：從快照恢復(fù)文件
cp .snapshot/daily.2025-05-20/你的文件.RData ./恢復(fù)的文件.RData

sudo apt install r-base r-base-dev

或者你聯(lián)系平臺(tái)管理員，提交超算工單 / 聯(lián)系管理員

提交：我的 RData 文件因磁盤空間不足保存失敗損壞，請(qǐng)求恢復(fù)文件系統(tǒng)自動(dòng)快照」
RStudio 是 R 的圖形界面編輯器，不能獨(dú)立運(yùn)行，所以必須先安裝 R 語言本體，再裝 RStudio
安裝的時(shí)候，認(rèn)準(zhǔn) RStudio Desktop Free 就不會(huì)裝錯(cuò)
桌面會(huì)出現(xiàn) RStudio 的藍(lán)色圖標(biāo)，雙擊即可打開。
首次打開時(shí)，RStudio 會(huì)自動(dòng)識(shí)別你安裝的 R 版本，如果沒識(shí)別到，可以手動(dòng)設(shè)置：
打開 Tools → Global Options → General → R version
點(diǎn)擊 Change，找到你安裝的 R.exe 文件（比如 D:\Program Files\R\R-4.4.1\bin\x64\R.exe），確認(rèn)即可。

version

打開 RStudio，執(zhí)行加載命令：

load("data8771236.RData", verbose=TRUE)
# 加載成功后，立刻保存為新文件
save.image("recovered_data.RData")

或者：
# 把路徑換成你文件的實(shí)際位置
file_path <- "G:/temp/20260523-300/data8771236.RData"

# 嘗試加載文件
load(file_path, verbose = TRUE)

# 如果加載成功，立刻保存為新文件，避免再次損壞
save.image("G:/temp/20260523-300/recovered_data.RData")

# 方法1：改用雙反斜杠寫法
file_path <- "G:\\temp\\20260523300\\data8771236.RData"
load(file_path, verbose = TRUE)

# 方法2：先切換到文件所在目錄，再直接讀�。ㄗ罘�(wěn)妥）
setwd("G:/temp/20260523-300/") # 切換工作目錄到文件所在文件夾
load("data8771236.RData", verbose = TRUE)

錯(cuò)誤于load(file_path, verbose = TRUE): 讀取鏈結(jié)時(shí)發(fā)生了錯(cuò)誤
先試試用二進(jìn)制方式讀取文件，看看能不能解析出數(shù)據(jù)：

file_path <- "G:/temp/20260523300/data8771236.RData"
con <- file(file_path, "rb")
# 先讀取前 1000 字節(jié)，看看數(shù)據(jù)是否可讀
raw_data <- readBin(con, what = raw(), n = 1000)
close(con)
head(raw_data)

如果這一步能輸出內(nèi)容，說明文件的開頭數(shù)據(jù)是完好的，還有機(jī)會(huì)恢復(fù)。
用 qs 包的 qread() 嘗試讀�。ǔ晒β瘦^高）

qs 包的讀取方式比 load() 更容錯(cuò)，有時(shí)能讀取損壞的 RData：

# 安裝 qs 包
install.packages("qs")
library(qs)

# 嘗試讀取文件
file_path <- "G:/temp/20260523300/data8771236.RData"
data <- try(qread(file_path), silent = TRUE)
if (!inherits(data, "try-error")) {
# 如果讀取成功，立刻保存為新文件
saveRDS(data, file = "G:/temp/20260523300/recovered_data.rds")
cat("數(shù)據(jù)讀取成功！已保存為 recovered_data.rds")
} else {
cat("qs 讀取失敗，嘗試下一個(gè)方案")
}

con <- file(file_path, "rb", blocking = FALSE)
raw <- try(readBin(con, what = raw(), n = 1e8), silent = TRUE)
close(con)
if (!inherits(raw, "try-error")) {
cat("✅ 成功讀取了部分原始數(shù)據(jù)，文件沒有完全損壞")
}

下面的方法：

file_path <- "G:/temp/20260523300/data8771236.RData"

# 創(chuàng)建一個(gè)空環(huán)境，用來存放能讀取到的數(shù)據(jù)
env <- new.env()

# 嘗試加載文件到這個(gè)環(huán)境中
tryCatch({
load(file_path, envir = env, verbose = TRUE)
cat("✅ 成功加載！環(huán)境中的對(duì)象有：", ls(env))
}, error = function(e) {
cat("❌ 加載過程中出錯(cuò)：", e$message, "\n")
# 查看環(huán)境里已經(jīng)加載了什么
cat("已成功加載的對(duì)象：", ls(env))
})

# 如果有部分對(duì)象被加載，立刻保存
if (length(ls(env)) > 0) {
save(list = ls(env), file = "G:/temp/20260523300/partial_recovered.RData", envir = env)
cat("✅ 已將部分恢復(fù)的數(shù)據(jù)保存為 partial_recovered.RData")
}